选种水蛭野生品种较多，最常见的是泥蚂蟥,体形小，多生长在稻田地里，不宜养殖。人工养殖应选择个体比较大，繁殖多，生长快的宽体金线蛭作为种用。
种用水蛭应选择健壮无伤残，每千克100—180条为好，一般体格粗壮厚实，肌肉发达，用手触摸迅速缩成一团，乎握富有弹性，放开后，活动能力强，表面光猾，体表黏液较厚，背面颜色较浅（颜色深的个体年龄较大），在水中游动迅速，能很快找到隐蔽场所的金线蛭为优良品种，这样的种蛭成活率高，产卵量高，孵化率也高。
种蛭选择要到大规模的养殖场家去引进，切勿到一些炒种单位去引种，因为炒种单位首先对技术没有一定把握，很难引导养殖户成功，另外，由于炒种单位的种蛭经多次倒运后，使种蛭组织破坏，在养殖中容易导致大量死亡。