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日本医蛭体狭长，略呈圆柱状，背腹稍扁平。前端钝圆，在正常体态时头部宽度小于最大。体长30-60mm(个别最大的长达90mm),体宽4.0-8.5mm，,尾吸盘直径4.0-5.5mm，背面有5条黄白色的纵文，以中间一条最宽和最长，黄白色纵纹将灰绿色分隔成6倒纵纹，背中两条最宽阔，北侧两对较细。灰绿色纵纹在每节中环上较宽且色淡，因此看上去似由继续的 棒状 纹组成。体背侧及腹面均有黄白色，而在背侧又各有一条很细的灰绿色纵纹，口孔很大口底有新月型的颚3枚。背中及两侧各有一枚，其游离的角质纵嵴上各有一列锐利的 细齿，齿数约55-67个。 大体宽，中段稍后最为粗。
